Подгруппа данных

Genome-Wide Association Study on the Seedless Phenotype in Banana

The GWAS panel is a list of diploid accessions (composed of Musa acuminata and AA) carefully selected to support Genome-Wide Association Study (GWAS) in banana in order to quickly and accurately link areas of the genome with important traits.

Accessions were fingerprinted using the Genotyping By Sequencing (GBS) method (Elshire RJ et al, 2011) using PSTI restriction enzyme (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA305234). A set of 129,658 unfiltered SNP markers were obtained that were subsequently filtered with a bioinformatic workflow at South Green Galaxy to get 5,544 robust SNP markers.

The filtered markers were deposited in dbSNP (ss#1971458520-1971464266). These SNPs mapped on DH Pahang v1 can be visualized on the JBrowse of the Banana Genome Hub (select GBS SNP panel)

Сельскохозяйственные культуры
Banana
Количество образцов
104
Дата создания
2016

Метаданные суб-набора


Создатели подгрупп данных


Куратор данных
Julie Sardos Bioversity International
Куратор данных
Mathieu Rouard Bioversity International
Куратор данных
Yann Hueber Bioversity International
Куратор данных
Alberto Cenci Bioversity International
Куратор данных
Katie E. Hyma Cornell University
Куратор данных
Ines van den Houwe Bioversity International
Куратор данных
Eva Hribova Institute of Experimental Botany
Куратор данных
Brigitte Courtois CIRAD
Куратор данных
Nicolas Roux Bioversity International

Данные и ресурсы


Паспортные данные MCPD

MCPD - 78dab905-6f22-4185-9190-5a9f45b59677.xlsx

Apply custom filters to accessions in this subset

Explore subset accessions on the map

Образцы

Список образцов, содержащихся в суб-наборе данных

1. ITC0063Musa aa • Pisang Tongat • Традиционный сорт/местный сорт+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9J8J6
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9J8K7
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9J8TE
4. ITC0090Musa aa • Tjau Lagada • Традиционный сорт/местный сорт+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JA6N
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JMBD
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JMGJ
7. ITC0258Musa aa • Pisang Madu • Традиционный сорт/местный сорт+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JMNQ
8. ITC0266Musa aa • Sowmuk • Традиционный сорт/местный сорт+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JNEB
9. ITC0267Musa aa • NBA 14 • Традиционный сорт/местный сорт+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JNGD
10. ITC0281Musa aa • Akondro Mainty • Традиционный сорт/местный сорт+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JP7U
11. ITC0292Musa aa • Djum Tau • Традиционный сорт/местный сорт • Индонезия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JPPE
12. ITC0294Musa aa • Pitu • Традиционный сорт/местный сорт+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JPRG
13. ITC0299Musa aa • Guyod • Традиционный сорт/местный сорт • Филиппины+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JPYP
14. ITC0310Musa aa subgr. pisang jari buaya • Morong Princesa • Традиционный сорт/местный сорт • Филиппины+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JQK6
15. ITC0312Musa aa subgr. pisang jari buaya • Pisang Jari Buaya • Традиционный сорт/местный сорт • Малайзия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JQQA
16. ITC0316Musa aa subgr. pisang jari buaya • Saing Todloh • Традиционный сорт/местный сорт • Филиппины+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JR2N
17. ITC0318Musa aa subgr. pisang jari buaya • Not Named • Традиционный сорт/местный сорт • Индонезия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JR6S
18. ITC0373Musa aa • Uwati • Традиционный сорт/местный сорт • Папуа – Новая Гвинея+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JVAE
19. ITC0378Musa acuminata Colla • Higa • Дикий • Индонезия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JVGM
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JVX~
21. ITC0395Musa aa • Lidi • Традиционный сорт/местный сорт+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JW21
22. ITC0406Musa acuminata Colla • Pa (Musore) no.3 • Дикий • Тайланд+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JWKJ
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JWSR
24. ITC0415Musa acuminata Colla • Pisang Cici Alas • Дикий • Индонезия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JX5U
25. ITC0434Musa aa • Racadag • Традиционный сорт/местный сорт • Филиппины+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JXYR
26. ITC0437Musa aa • Pisang Kermian • Традиционный сорт/местный сорт • Малайзия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JYF4
27. ITC0446Musa aa • Pu-te La-Bum • Традиционный сорт/местный сорт • Малайзия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JYZM
28. ITC0447Musa aa • Pu-te Wey • Традиционный сорт/местный сорт • Малайзия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9JZ1P
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K0BV
30. ITC0480Musa aa subgr. sucrier • Pisang Buntal • Традиционный сорт/местный сорт • Малайзия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K14F
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K3WX
32. ITC0533Musa aa • Kluai Lep Mu Nang • Традиционный сорт/местный сорт+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K42=
33. ITC0568Musa aa • Malaysian Blood • Традиционный сорт/местный сорт+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K6E0
34. ITC0600Musa aa • Waimara • Традиционный сорт/местный сорт • Папуа – Новая Гвинея+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K8CS
35. ITC0602Musa acuminata subsp. banksii (F.Muell.) N.W.Simmonds • Hawain 3 • Дикий • Папуа – Новая Гвинея+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K8GX
36. ITC0603Musa aa • Somani • Традиционный сорт/местный сорт • Папуа – Новая Гвинея+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K8K*
37. ITC0606Musa acuminata Colla • Hybrid • Дикий • Индонезия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K8V3
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K8Z7
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K93B
40. ITC0611Musa aa • Pisang Berlin • Традиционный сорт/местный сорт+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K96E
41. ITC0612Musa aa • Mambee Thu • Традиционный сорт/местный сорт+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K99H
42. ITC0620Musa acuminata subsp. banksii (F.Muell.) N.W.Simmonds • Banksii • Дикий • Папуа – Новая Гвинея+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9K9Y1
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9KAMQ
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9KCD6
45. ITC0668Musa acuminata Colla • Pa (Musore) no.2 • Дикий • Тайланд+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9KCSJ
46. ITC0679Musa aa • Pisang Sapon • Традиционный сорт/местный сорт • Индонезия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9M9VQ
47. ITC0685Musa aa • Pisang Pipit • Традиционный сорт/местный сорт • Индонезия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9KDN9
48. ITC0689Musa aa • Pisang Bangkahulu • Традиционный сорт/местный сорт • Индонезия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9KDVF
49. ITC0712Musa aa • AAcv Rose • Традиционный сорт/местный сорт • Индонезия+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9KER7
50. ITC0770Musa aa • Navaradam • Традиционный сорт/местный сорт • Папуа – Новая Гвинея+ Добавить в мой список
BEL084Bioversity International Musa Germplasm Transit Centre, Belgium • DOI: 10.18730/9KGZ4