- Encyclia adenocaula
- Encyclia adenocaula (Lex.) Schltr.
- Encyclia alata
- Encyclia alata (Bateman) Schltr. subsp. parviflora (Regel) Dressler & G.E.Pollard
- Encyclia alata (Bateman) Schltr.
- Encyclia alata (Bateman) Schltr. subsp. virella Dressler & G.E.Pollard
- Encyclia altissima
- Encyclia altissima Schltr.
- Encyclia caicensis
- Encyclia caicensis Sauleda & R.M.Adams
- Encyclia chloroleuca
- Encyclia chloroleuca (Hook.) Neumann
- Encyclia cordigera
- Encyclia cordigera (Kunth) Dressler
- Encyclia flabellata
- Encyclia flabellata (Lindl.) B.F.Thurst. & W.R.Thurst.
- Encyclia gracilis
- Encyclia gracilis (Lindl.) Schltr.
- Encyclia granitica
- Encyclia granitica (Lindl.) Schltr.
- Encyclia guatemalensis
- Encyclia guatemalensis (Klotzsch) Dressler & G.E.Pollard
- Encyclia hanburyi
- Encyclia hanburyi (Lindl.) Schltr.
- Encyclia inaguensis
- Encyclia inaguensis Nash ex Britton & Millsp.
- Encyclia incumbens
- Encyclia incumbens (Lindl.) Mabb.
- Encyclia kennedyi
- Encyclia kennedyi (Fowlie & Withner) Hágsater
- Encyclia oaxacana
- Encyclia parviflora
- Encyclia parviflora (Regel) Withner
- Encyclia patens
- Encyclia patens Hook.
- Encyclia rufa
- Encyclia rufa (Lindl.) Britton & Millsp.
- Encyclia selligera
- Encyclia selligera (Bateman ex Lindl.) Schltr.
- Encyclia sp.
- Encyclia tampensis
- Encyclia tampensis (Lindl.) Small
- Encyclia unknown
- Encyclia vespa
- Encyclia vespa (Vell.) Pabst
- Encyclia x
- Encyclia × cayahicoensis ined.