زیرمجموعه

3K Rice Genomes Project

These accessions were used in 'The 3000 rice genomes project'. From this international resequencing effort, approximately 18.9 million single nucleotide polymorphisms (SNPs) in rice were discovered when aligned to the reference genome of the temperate japonica variety, Nipponbare. Phylogenetic analyses based on SNP data confirmed differentiation of the O. sativa gene pool into 5 varietal groups – indica, aus/boro, basmati/sadri, tropical japonica and temperate japonica. This data serves as a foundation for large-scale discovery of novel alleles for important rice phenotypes using various bioinformatics and/or genetic approaches. It also serves to understand the genomic diversity within O. sativa at a higher level of detail. With the release of the sequencing data, the project calls for the global rice community to take advantage of this data as a foundation for establishing a global, public rice genetic/genomic database and information platform for advancing rice breeding technology for future rice improvement.

The study was done by the 3000 Rice Genomes Project (2014) with detailed analyses published by Wang et al. (2018), 10.1186/2047-217X-3-7.

محصولات
Rice
تعداد افزونه
۲٬۷۰۳
تاریخ ایجاد
2009

ابرداده‌های زیرمجموعه


ایجادکنندگان زیرمجموعه


نگهدارنده داده
Kenneth McNally International Rice Research Institute

داده‌ها و منابع


داده‌های گذرنامه MCPD

MCPD - 27f41bd8-c98b-401c-b689-de1a411f1410.xlsx

Apply custom filters to accessions in this subset

Explore subset accessions on the map

افزونه‌ها

فهرست افزونه‌های گنجانده شده در زیرمجموعه

۱. IRGC 117423Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 43322-1 • سویه ژنتیکی • اندوزی+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CN6M
۲. IRGC 117425Oryza sativa Linnaeus • ARC 10497::IRGC 12485-1 • سویه ژنتیکی • هند+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CN8P
۳. IRGC 117426Oryza sativa Linnaeus • ARC 13829::IRGC 42469-1 • سویه ژنتیکی • هند+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CN9Q
۴. IRGC 117430Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 11000-1 • سویه ژنتیکی • ماداگاسکار+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CNDV
۵. IRGC 117442Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 32575-1 • سویه ژنتیکی • فیلیپین+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CNS2
۶. IRGC 117446Oryza sativa Linnaeus • CHHOTE DHAN::IRGC 58930-1 • سویه ژنتیکی • نپال+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CNX6
۷. IRGC 117454Oryza sativa Linnaeus • CO 39::IRGC 51231-1 • سویه ژنتیکی • هند+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CP5E
۸. IRGC 117466Oryza sativa Linnaeus • DOM ZARD::IRGC 12881-1 • سویه ژنتیکی • ایران+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CPHT
۹. IRGC 117474Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 32301-1 • سویه ژنتیکی • ایران+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CPS$
۱۰. IRGC 117494Oryza sativa Linnaeus • JC 1::IRGC 9091-1 • سویه ژنتیکی • هند+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CQDH
۱۱. IRGC 117497Oryza sativa Linnaeus • JC 149::IRGC 9070-1 • سویه ژنتیکی • هند+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CQGM
۱۲. IRGC 117498Oryza sativa Linnaeus • JC 157::IRGC 9074-1 • سویه ژنتیکی • هند+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CQHN
۱۳. IRGC 117518Oryza sativa Linnaeus • KOTOBUKI MOCHI::IRGC 2545-1 • سویه ژنتیکی • ژاپن+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CR54
۱۴. IRGC 117535Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 8269-1 • سویه ژنتیکی • تایوان+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CRPN
۱۵. IRGC 117536Oryza sativa Linnaeus • NAM SA GUI 19::IRGC 11462-1 • سویه ژنتیکی • تایلند+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CRQP
۱۶. IRGC 117537Oryza sativa Linnaeus • NEP HOA VANG::IRGC 40748-2 • سویه ژنتیکی • ویتنام+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CRRQ
۱۷. IRGC 117543Oryza sativa Linnaeus • OS 4::IRGC 11335-1 • سویه ژنتیکی • نیجریه+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CRYX
۱۸. IRGC 117550Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 8267-1 • سویه ژنتیکی • تایوان+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CS5U
۱۹. IRGC 117551Oryza sativa Linnaeus • PANKHARI 203::IRGC 5999-1 • سویه ژنتیکی • هند+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CS60
۲۰. IRGC 117569Oryza sativa Linnaeus • RIKUTO KEMOCHI::IRGC 2719-1 • سویه ژنتیکی • ژاپن+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CSRJ
۲۱. IRGC 117593Oryza sativa Linnaeus • YANGKUM (RED)::IRGC 32406-1 • سویه ژنتیکی • باتان+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CTG5
۲۲. IRGC 117597Oryza sativa Linnaeus • IR 62266-42-6-2::IRGC 117397-1 • سویه ژنتیکی • فیلیپین+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CTM9
۲۳. IRGC 120876Oryza sativa Linnaeus • AUS 439::IRGC 29221-1 • سویه ژنتیکی • بنگلادش+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CVH1
۲۴. IRGC 120887Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 25838-1 • سویه ژنتیکی • بنگلادش+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CVWC
۲۵. IRGC 120894Oryza sativa Linnaeus • BHADOIA 303::IRGC 6588-1 • سویه ژنتیکی • بنگلادش+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CW3K
۲۶. IRGC 120902Oryza sativa Linnaeus • BPI 76 NON SENSITIVE (GREEN)::IRGC 9790-1 • سویه ژنتیکی • فیلیپین+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CWBV
۲۷. IRGC 120914Oryza sativa Linnaeus • CHUA DAU::IRGC 4785-1 • سویه ژنتیکی • چین+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CWQ2
۲۸. IRGC 120915Oryza sativa Linnaeus • CHUNGUR BALI::IRGC 25855-1 • سویه ژنتیکی • بنگلادش+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CWR3
۲۹. IRGC 120921Oryza sativa Linnaeus • CSR-90 IR-2::IRGC 117327-1 • سویه ژنتیکی • هند+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CWY9
۳۰. IRGC 120922Oryza sativa Linnaeus • CT 9737-6-1-1-2-2P-M::IRGC 117330-1 • سویه ژنتیکی • کلمبیا+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CWZA
۳۱. IRGC 120927Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 76296-1 • سویه ژنتیکی • هند+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CX4F
۳۲. IRGC 120968Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 67631-1 • سویه ژنتیکی • سری لانکا+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CYDK
۳۳. IRGC 120969Oryza sativa Linnaeus • HOLOI BASH (SOLOI BASH)::IRGC 64778-1 • سویه ژنتیکی • بنگلادش+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CYEM
۳۴. IRGC 120991Oryza sativa Linnaeus • IRGA 318-11-6-9-2B::IRGC 117339-1 • سویه ژنتیکی • کلمبیا+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CZ45
۳۵. IRGC 120992Oryza sativa Linnaeus • IRGA 346-111-2-1F::IRGC 117341-1 • سویه ژنتیکی • کلمبیا+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CZ56
۳۶. IRGC 120993Oryza sativa Linnaeus • IRGA 659-1-2-2-2::IRGC 117345-1 • سویه ژنتیکی • کلمبیا+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CZ67
۳۷. IRGC 120996Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 73101-1 • سویه ژنتیکی • پاکستان+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CZ9A
۳۸. IRGC 121003Oryza sativa Linnaeus • K 479-2-3::IRGC 117346-1 • سویه ژنتیکی • هند+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CZGH
۳۹. IRGC 121005Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 34699-1 • سویه ژنتیکی • بنگلادش+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CZJK
۴۰. IRGC 121022Oryza sativa Linnaeus • KHARSU 80::IRGC 28016-1 • سویه ژنتیکی • پاکستان+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5D03U
۴۱. IRGC 121026Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 77267-1 • سویه ژنتیکی • بنگلادش+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5D073
۴۲. IRGC 121029Oryza sativa Linnaeus • KURULU WEE (WHITE)::IRGC 66518-1 • سویه ژنتیکی • سری لانکا+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5D0A6
۴۳. IRGC 121036Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 43915-1 • سویه ژنتیکی • بنگلادش+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5D0HD
۴۴. IRGC 121038Oryza sativa Linnaeus • LENJA MURALI::IRGC 66815-1 • سویه ژنتیکی • بنگلادش+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5D0KF
۴۵. IRGC 121069Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 31611-1 • سویه ژنتیکی • بنگلادش+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5D1J9
۴۶. IRGC 121075Oryza sativa Linnaeus • NS 252::IRGC 68878-1 • سویه ژنتیکی • ماداگاسکار+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5D1RF
۴۷. IRGC 121103Oryza sativa Linnaeus • RR 272-17-829::IRGC 117354-1 • سویه ژنتیکی • اندوزی+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5D2M6
۴۸. IRGC 121119Oryza sativa Linnaeus • :IRGC 117029-1 • سویه ژنتیکی • پرو+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5D34P
۴۹. IRGC 121120Oryza sativa Linnaeus • SIMUL KHURI::IRGC 35154-1 • سویه ژنتیکی • هند+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5D35Q
۵۰. IRGC 121128Oryza sativa Linnaeus • SUFAID 246::IRGC 28303-1 • سویه ژنتیکی • پاکستان+ افزودن به فهرست من
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5D3DZ