Подгруппа данных

High-density rice array (HDRA) RDP1

These are entries in the panel from USDA/Cornell for use on the high-density rice array (HDRA) comprised of 700K single-nucleotide polymorphisms (SNPs). The HDRA represented the most densely populated genotyping array available for any organism at that time, based on the number of SNPs/kb interrogated across the genome. The value of these resources for genome-wide association studies (GWAS) was explored using grain length as the phenotype, and use numerous analytical techniques to identify significant associations that uncover both major and minor QTLs. Distinct advantages of cross-population mapping were demonstrated, gaining power by directly accounting for large effect alleles from within the mapping model. It was shown how this may lead to the identification of population-specific haplotypes, which are of particular value to the plant breeder.

McCouch et al 2016, Open access resources for genome-wide association mapping in rice, Nature Comm. 10.1038/ncomms10532

Сельскохозяйственные культуры
Rice
Количество образцов
410
Дата создания
2016

Метаданные суб-набора


Создатели подгрупп данных


Куратор данных
Dr. Kenneth L. McNally IRRI

Данные и ресурсы


Паспортные данные MCPD

MCPD - 1962c499-dc2c-46f8-8202-24b5ec445f38.xlsx

Apply custom filters to accessions in this subset

Explore subset accessions on the map

Образцы

Список образцов, содержащихся в суб-наборе данных

1. IRGC 117264Oryza sativa Linnaeus • AZUCENA • Генетический фонд • Филиппины+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZFQ
2. IRGC 117265Oryza sativa Linnaeus • DOM SUFID • Генетический фонд • Иран+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/1PG6J
3. IRGC 117266Oryza sativa Linnaeus • DULAR • Генетический фонд • Индия+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZGR
4. IRGC 117267Oryza sativa Linnaeus • FR 13 A • Генетический фонд • Индия+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZHS
5. IRGC 117268Oryza sativa Linnaeus • IR 64-21 • Генетический фонд • Филиппины+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZJT
6. IRGC 117269Oryza sativa Linnaeus • LI-JIANG-XIN-TUAN-HEI-GU • Генетический фонд • Китай+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZKV
7. IRGC 117270Oryza sativa Linnaeus • M 202 • Генетический фонд • США+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZMW
8. IRGC 117271Oryza sativa Linnaeus • MINGHUI 63 • Генетический фонд • Китай+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZNX
9. IRGC 117272Oryza sativa Linnaeus • MOROBEREKAN • Генетический фонд • Гвинея+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZPY
10. IRGC 117273Oryza sativa Linnaeus • N 22 • Генетический фонд • Индия+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZQZ
11. IRGC 117274Oryza sativa Linnaeus • NIPPONBARE • Генетический фонд • Япония+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZR*
12. IRGC 117276Oryza sativa Linnaeus • SADU CHO • Генетический фонд • Южная Корея+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZT$
13. IRGC 117277Oryza sativa Linnaeus • SANHUANGZHAN NO 2 • Генетический фонд • Китай+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZV=
14. IRGC 117279Oryza sativa Linnaeus • TAINUNG 67 • Генетический фонд • Тайвань+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZX0
15. IRGC 117280Oryza sativa Linnaeus • ZHENSHAN 97 B • Генетический фонд • Китай+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4WZY1
16. IRGC 117282Oryza sativa Linnaeus • CYPRESS • Генетический фонд • США+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/5CMZD
17. IRGC 117599Oryza sativa Linnaeus • 27 • Генетический фонд • Доминиканская Республика+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X45S
18. IRGC 117600Oryza sativa Linnaeus • AIJIAONANTE • Генетический фонд • Китай+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X46T
19. IRGC 117601Oryza sativa Linnaeus • ARC 10177 • Генетический фонд • Индия+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X47V
20. IRGC 117602Oryza sativa Linnaeus • ARC 6578 • Генетический фонд • Индия+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X48W
21. IRGC 117603Oryza sativa Linnaeus • ARC 7229 • Генетический фонд • Индия+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X49X
22. IRGC 117604Oryza sativa Linnaeus • ASD 1 • Генетический фонд • Индия+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4AY
23. IRGC 117605Oryza sativa Linnaeus • BASMATI 1 • Генетический фонд • Пакистан+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4BZ
24. IRGC 117606Oryza sativa Linnaeus • C57-5043 • Генетический фонд • США+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4C*
25. IRGC 117607Oryza sativa Linnaeus • CAROLINA GOLD • Генетический фонд • США+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4D~
26. IRGC 117608Oryza sativa Linnaeus • CAROLINA GOLD SEL • Генетический фонд • США+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4E$
27. IRGC 117609Oryza sativa Linnaeus • CS-M3 • Генетический фонд • США+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4F=
28. IRGC 117610Oryza sativa Linnaeus • DZ78 • Генетический фонд • Бангладеш+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4GU
29. IRGC 117611Oryza sativa Linnaeus • GERDEH • Генетический фонд • Иран+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4H0
30. IRGC 117612Oryza sativa Linnaeus • GEUMOBYEO • Генетический фонд • Южная Корея+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4J1
31. IRGC 117613Oryza sativa Linnaeus • HABIGANJ BORO 6 • Генетический фонд • Бангладеш+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4K2
32. IRGC 117614Oryza sativa Linnaeus • HON CHIM • Генетический фонд • Гонконг+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4M3
33. IRGC 117615Oryza sativa Linnaeus • IAC 25 • Генетический фонд • Бразилия+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4N4
34. IRGC 117616Oryza sativa Linnaeus • ITALICA CAROLINA • Генетический фонд • Польша+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4P5
35. IRGC 117617Oryza sativa Linnaeus • KASALATH • Генетический фонд • Индия+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4Q6
36. IRGC 117618Oryza sativa Linnaeus • KERITING TINGGI • Генетический фонд • Индонезия+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4R7
37. IRGC 117619Oryza sativa Linnaeus • LEUNG PRATEW • Генетический фонд • Тайланд+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4S8
38. IRGC 117620Oryza sativa Linnaeus • MEHR • Генетический фонд • Иран+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4T9
39. IRGC 117621Oryza sativa Linnaeus • MOROBEREKAN • Генетический фонд • Гвинея+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4VA
40. IRGC 117622Oryza sativa Linnaeus • RTS 14 • Генетический фонд • Вьетнам+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4WB
41. IRGC 117623Oryza sativa Linnaeus • BR24 • Генетический фонд • Бангладеш+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4XC
42. IRGC 117624Oryza sativa Linnaeus • KIUKI NO. 46 • Генетический фонд • Япония+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4YD
43. IRGC 117625Oryza sativa Linnaeus • SML 242 • Генетический фонд • Суринам+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X4ZE
44. IRGC 117626Oryza sativa Linnaeus • WC 4419 • Генетический фонд • Гондурас+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X50F
45. IRGC 117627Oryza sativa Linnaeus • 1021 • Генетический фонд • Гватемала+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X51G
46. IRGC 117628Oryza sativa Linnaeus • 205 • Генетический фонд • Иран+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X52H
47. IRGC 117629Oryza sativa Linnaeus • 318 • Генетический фонд • Турция+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X53J
48. IRGC 117630Oryza sativa Linnaeus • 519 • Генетический фонд • Уругвай+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X54K
49. IRGC 117631Oryza sativa Linnaeus • 56-122-23 • Генетический фонд • Тайланд+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X55M
50. IRGC 117632Oryza sativa Linnaeus • 583 • Генетический фонд • Эквадор+ Добавить в мой список
PHL001International Rice Research Institute, Philippines • DOI: 10.18730/4X56N