Detaily genové banky

International Rice Research Institute

The IRRI genebank in Los Baños, Philippines, holds the world's largest collection of rice diversity, with more than 127,000 accessions of cultivated rice and wild relatives. About 38% of the accessions are traditional cultivars or landraces, 11% are breeding materials or advanced cultivars and 3% are wild relatives. (Most of the rest are "not classified".) Over the past 25 years the genebank has distributed about 228,000 samples to 103 countries.

Genebank accessions have been instrumental in creating all of the high-yielding rice varieties released by IRRI over the years. They have also been invaluable to rice breeders in national programmes. A recent study found that 90% of the varieties released by national programmes included at least one IRRI accession in their pedigree.

Except for a small number of wild relatives that cannot be conserved as seed, all accessions are maintained in an active collection at 2-4°C and at -20°C for long-term storage. Seed is tested regularly for viability and regenerated if the germination rate falls below 85%. IRRI is also researching ways to extend the longevity of seeds in storage and to predict viability more accurately.

Characterisation of the accessions for phenotypical and molecular characteristics is an important genebank activity. Data are shared through Genesys and through the International Rice Genebank Collection Information System (IRGCIS). IRRI accessions and scientists also played a large part in the effort to sequence 3000 rice genomes, and IRRI now leads the International Rice Informatics Consortium, which aims to sequence and make data available on as much rice diversity as possible.

About 95% of the accessions at IRRI are safety duplicated both in the Svalbard Global Seed Vault and in the National Center for Genetic Resources Preservation in the USA.

Umístění
Zeměpisná šířka
14,1691
Zeměpisná délka
121,2554
Nejvíce zastoupené plodiny
Neurčeno
17
Nejvíce zastoupené názvy plodin
rice
132 126
Neurčeno
17
Nejvíce zastoupený Rod
Leersia
Hygroryza
Echinochloa
Chikusichloa
Ostatní
3
Nejvíce zastoupené Druhy
Oryza sativa
Oryza glaberrima
Oryza nivara
Oryza rufipogon
Oryza nivara x sativa
Ostatní
1 835
Poslední aktualizace datové průvodky
25 June 2020
18 June 2020
27 May 2020
6 April 2020
5 March 2020
9 January 2020
8 January 2020
Passport Data Completeness Index (PDCI)
Genesys používá PDCI jako indikátor úplnosti publikovaných pasových dat. PDCI používá přítomnost nebo nepřítomnost datových bodů v dokumentaci přistoupení ke genovým bankám, s přihlédnutím k přítomnosti nebo hodnotě jiných datových bodů(van Hintum et al. 2011). Například divoký přírůstek by měl mít dobře definované místo sběru, ale bez názvu odrůdy. PDCI se pohybuje od 0 do 10, kde 0 je minimální skóre přiřazené spíše neúplným pasovým záznamům a 10 je maximální skóre přiřazené velmi úplným pasovým záznamům. Jakýkoli typ přírůstku, divoký, původní odrůda, šlechtitelský materiál nebo moderní odrůda může dosáhnout maximálního skóre PDCI.
Počet záznamů průvodky
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Passport Data Completeness Index (PDCI)
Průměrné skóre PDCI pro 132,143 přírůstků je 6.40, s minimálním skóre 3.70 a maximálním skóre 8.60.